Дьюк и и Рипкорд — друзья по оружию не разлей вода. Сопровождая военный конвой, перевозящий сверхсекретное и современное оружие, они оказываются под массированной и хорошо спланированной атакой. И если бы не таинственные незнакомцы, которые помогли отбиться от врагов, друзьям неминуемо пришёл бы конец. Неизвестные вербуют Дьюка и Рипкорда, привозят на засекреченную базу отряда G.I. Joe, находящуюся в пустыне Сахара глубоко под песками, обучают новым приёмам и снабжают суперкрутым оружием. И всё это ради одной цели — вывести на чистую воду директора компании по производству оружия МакКаллена. Выяснится, что МакКаллен нанял двух профессионалов, Ану (бывшая подруга Дьюка) и Шторм Шэдоу (ещё будучи ребёнком он обучался боевым искусствам вместе с Снейк Айзом, который работает в отряде G.I. Joe) для двух целей: диверсии внутри базы J.I. Joe и проведения показательного теракта в Париже. И теперь отряду G.I. Joe нужно приложить все усилия, чтобы остановить Ану и Шторм Шэдоу.
